การศึกษาในยุคนี้ แรกๆ ถูกปล่อยปละละเลย ต่อมาถึงสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช   ทรงเห็นพระพุทธศาสนาถูกลัทธิภายนอกย่ำยีประชาชนมัวเมาหลงใหลเห็นผิดเป็นชอบจึงทรงรับอุปถัมภ์บำรุงพระพุทธศาสนา ทรงโปรดจัดการศึกษาเล่าเรียนพระปริยัติธรรมขึ้นเหมือนครั้งสุโขทัย ให้มีการสอบไล่พระปริยัติธรรม นับว่าเป็นการสอบไล่ที่เกิดขึ้นครั้งแรกในประเทศไทย

ปัจจุบันการศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกบาลี มีแม่กองบาลีสนามหลวงเป็นผู้รับผิดชอบแบ่งเป็น ๙ ชั้น เหมือนครั้งตั้งแต่รัชกาลที่ ๒ เป็นต้นมา และจะถือว่าเป็น “เปรียญธรรม” ได้ก็ตั้งแต่เปรียญธรรม ๓ ประโยค ถึง ๙ ประโยค และผู้ที่สอบได้ ถ้าเป็นพระก็ได้เป็นมหาให้เรียกคำว่า “พระมหา” นำหน้าชื่อ   สมัยก่อนผู้สอบได้ ป.ธ. ๓ พระมหากษัตริย์พระราชทานพัดยศเอง แต่ปัจจุบันพระราชทานเฉพาะ ป.ธ. ๖ และ ป.ธ. ๙ ส่วนป.ธ. ๓ ทรงมอบให้สมเด็จพระสังฆราชทรงแต่งตั้งพัดยศแทน